一般Java文件编码格式是UTF-8的。以下以默认GBK改为UTF-8为例。
1.改变整个工作空间的编码格式，这样以后新建的文件也是新设置的编码格式。
   eclipse->window->preferences->General->workspaceTypes->Other->UTF-8->OK
汉化版：eclipse->窗口->首选项->常规->工作空间->其它->UTF-8->确定

2.项目范围的设置编码格式
Project->Properties->General->Resource->Other->UTF-8->OK

3.某类型文件的编码格式
eclipse->window->preferences->General->Content Types->右边找到要修改的文件的类型(JAVA,JSP等等)->在下面的Default encoding，输入框中输入UTF-8->Update->OK
汉化版:eclipse->窗口->首选项->常规->内容类型->在右边选择要修改文件的类型->下面缺省编码输入->更新

4、单个文件设置编码格式
在包资源管理器右键点击文件->属性，改变文本文件编码格式为UTF-8

注：改变编码格式前做备份，另外可以用编码格式批量转换工具处理下,搜索下网上很多这样的小工具。