執行部
| 役職 | 氏名 | 所属 | 就任日 |
| 共同代表 | 村岡裕由 | 岐阜大学 | 2021-04 |
| 共同代表 | 仲岡雅裕 | 北海道大学 | 2023-04 |
| 情報管理委員長 | 大手信人 | 京都大学 | 2013-04 |
| 事務局長 | 堀 正和 | 国立研究開発法人水産研究・教育機構 | 2022-05 |
| 副事務局長 | |||
| 会計 | |||
| 科学委員長 | 田中健太 | 筑波大学 | 2018-05 |
代表者委員会
| 役職 | サイト区分 | サイト名（50音順） | 氏名 | 所属 |
| 共同委員長 | 仲岡雅裕 | 北海道大学 | ||
| 共同委員長 | 村岡裕由 | 岐阜大学 | ||
| 委員 | コア | 赤津 | 安村直樹 | 東京大学 |
| 委員 | コア | 芦生 | 石原正恵 | 京都大学 |
| 委員 | コア、準、準 | 厚岸、小湊、銚子 | 仲岡雅裕 | 北海道大学 |
| 委員 | コア | 綾 | 齊藤 哲 | 九州大学 |
| 委員 | コア | 淡路島 | 奥田 昇 | 神戸大学 |
| 委員 | コア | 井川 | 山川陽祐 | 筑波大学 |
| 委員 | コア | 小川 （八甲田） | 黒川 紘子 | 森林総合研究所 |
| 委員 | コア | 霞ヶ浦 | 松崎慎一郎 | 国立環境研究所 |
| 委員 | コア | 粕屋 | 菱 拓雄 | 九州大学 |
| 委員 | コア | カヌマ沢 | 星崎 和彦 | 秋田県立大学 |
| 委員 | コア | 公大植物園樹林型 | 小口理一 | 大阪公立大学 |
| 委員 | コア | 白浜 | 後藤龍太郎 | 京都大学 |
| 委員 | コア | 宍道湖・中海 | 瀬戸浩二 | 島根大学 |
| 委員 | コア | 菅平 | 田中健太 | 筑波大学 |
| 委員 | コア | 瀬底 | 酒井一彦 | 琉球大学 |
| 委員 | コア | 瀬戸内海西 | 堀 正和 | 水産研究・教育機構 |
| 委員 | コア | 高山 | 斎藤琢 | 岐阜大学 |
| 委員 | コア | 秩父 | 平尾聡秀 | 東京大学 |
| 委員 | コア | 苫小牧 | 植竹淳 | 北海道大学 |
| 委員 | コア | 北海道北 | 吉田俊也 | 北海道大学 |
| 委員 | コア | 八ヶ岳・川上 | 清野達之 | 筑波大学 |
| 委員 | コア | 与那 | 高嶋敦史 | 琉球大学 |
| 委員 | コア、準 | 和歌山、舞鶴 | 徳地直子 | 京都大学 |
| 委員 | 準 | 足寄 | 内海泰弘 | 九州大学 |
| 委員 | 準 | 大槌湾 | 青山潤 | 東京大学 |
| 委員 | 準 | 大山沢 | 川西基博 | 鹿児島大学 |
| 委員 | 準 | 鹿児島湾 | 山本智子 | 鹿児島大学 |
| 委員 | 準、準 | 金目川、高原山 | 大久保達弘 | 宇都宮大学 |
| 委員 | 準 | 上名川 | 菊池俊一 | 山形大学 |
| 委員 | 準 | 川渡 | 小倉振一郎 | 東北大学 |
| 委員 | 準 | 北浦 | 苅部甚一 | 近畿大学 |
| 委員 | 準 | 北苫小牧 | 伊東宏樹 | 森林総合研究所 |
| 委員 | 準、準 | 木曽川、琵琶湖 | 中野伸一 | 京都大学 |
| 委員 | 準 | 桐生 | 小杉緑子 | 京都大学 |
| 委員 | 準 | 草木 | 小林勇太 | 東京農工大学 |
| 委員 | 準 | 剣丸尾 | 中野隆志 | 山梨環境研 |
| 委員 | 準 | 佐渡 | 本間航介 | 新潟大学 |
| 委員 | 準 | 椎葉 | 久米朋宣 | 九州大学 |
| 委員 | 準 | 標茶・白糠 | 小林和也 | 京都大学 |
| 委員 | 準 | 田野 | 髙木正博 | 宮崎大学 |
| 委員 | 準 | 多摩 | 松田和秀 | 東京農工大学 |
| 委員 | 準 | 洞爺湖 | 山羽悦郎 | 北海道大学 |
| 委員 | 準 | 永浦 | 逸見 泰久 | 熊本大学 |
| 委員 | 準 | 南紀古座川 | 中村誠宏 | 北海道大学 |
| 委員 | 準 | 羊ヶ丘 | 宇都木 玄 | 森林総合研究所 |
| 委員 | 準 | ひなの原 | 堤 道生 | 農業・食品産業技術総合研究機構西日本農業研究センター |
| 委員 | 準 | 袋山 | 堀田紀文 | 東京大学 |
| 委員 | 準 | 富士北麓 | 高橋善幸 | 国立環境学研究所 |
| 委員 | 準 | 真瀬 | 小野圭介 | 農業・食品産業技術総合研究機構 農業環境変動研究センター |
| 委員 | 準 | 山城 | 小南裕志 | 森林総合研究所関西支所 |
| 委員 | 準 | 嶺北 | 市栄智明 | 高知大学 |
運営委員会
| 役職 | サイト区分 | サイト名（50音順） | 氏名 | 所属 |
| 共同委員長 | 仲岡雅裕 | 北海道大学 | ||
| 共同委員長 | 村岡裕由 | 岐阜大学 | ||
| 委員 | コア | 赤津 | 安村直樹 | 東京大学 |
| 委員 | コア | 芦生 | 石原正恵 | 京都大学 |
| 委員 | コア | 厚岸 | 仲岡雅裕 | 北海道大学 |
| 委員 | コア | 綾 | 齊藤 哲 | 九州大学 |
| 委員 | コア | 淡路島 | 奥田 昇 | 神戸大学 |
| 委員 | コア | 井川 | 山川陽祐 | 筑波大学 |
| 委員 | コア | 小川 | 黒川 紘子 | 森林総合研究所 |
| 委員 | コア | 霞ヶ浦 | 松崎慎一郎 | 国立環境研究所 |
| 委員 | コア | 粕屋 | 菱 拓雄 | 九州大学 |
| 委員 | コア | カヌマ沢 | 星崎 和彦 | 秋田県立大学 |
| 委員 | コア | 公大植物園樹林型 | 小口 理一 | 大阪公立大学 |
| 委員 | コア | 白浜 | 後藤龍太郎 | 京都大学 |
| 委員 | コア | 宍道湖・中海 | 瀬戸浩二 | 島根大学 |
| 委員 | コア | 菅平 | 田中健太 | 筑波大学 |
| 委員 | コア | 瀬底 | 酒井一彦 | 琉球大学 |
| 委員 | コア | 瀬戸内海西 | 堀 正和 | 水産研究・教育機構 |
| 委員 | コア | 高山 | 斎藤琢 | 岐阜大学 |
| 委員 | コア | 秩父 | 平尾聡秀 | 東京大学 |
| 委員 | コア | 苫小牧 | 揚妻直樹 | 北海道大学 |
| 委員 | コア | 北海道北 | 吉田俊也 | 北海道大学 |
| 委員 | コア | 八ヶ岳・川上 | 清野達之 | 筑波大学 |
| 委員 | コア | 与那 | 高嶋敦史 | 琉球大学 |
| 委員 | コア | 和歌山 | 徳地直子 | 京都大学 |
| 外部委員 | 大手信人 | 京都大学 | ||
| 外部委員 | 市栄智明 | 森林総研 | ||
| 外部委員 | 本間航介 | 新潟大学 | ||
| 外部委員 | 日浦勉 | 東京大学 |
情報管理委員会
| 役職 | サイト区分 | サイト名（50音順） | 氏名 | 所属 |
| 委員長 | 大手信人 | 京都大学 | ||
| 委員 | コア | 赤津 | 浅野友子 | 東京大学 |
| 委員 | コア | 芦生 | 松岡俊将 | 京都大学 |
| 委員 | コア | 厚岸 | 伊佐田智規 | 北海道大学 |
| 委員 | コア | 綾 | 齊藤 哲 | 九州大学 |
| 委員 | コア | 淡路島 | 羽生田岳昭 | 神戸大学 |
| 委員 | コア | 小川 | 黒川紘子 | 森林総合研究所 |
| 委員 | コア | 霞ヶ浦 | 松崎慎一郎 | 国立環境研究所 |
| 委員 | コア | 粕屋 | 田代直明 | 九州大学 |
| 委員 | コア | カヌマ沢 | 野口麻穂子 | 森林総合研究所 |
| 委員 | コア | 白浜 | 後藤龍太郎 | 京都大学 |
| 委員 | コア | 宍道湖・中海 | 瀬戸浩二 | 島根大学 |
| 委員 | コア | 菅平 | 田中健太 | 筑波大学 |
| 委員 | コア | 瀬底 | 中野義勝 | 琉球大学 |
| 委員 | コア | 瀬戸内海西 | 吉田吾郎 | 水産総合研究センター |
| 委員 | コア | 高山 | 村岡裕由 | 岐阜大学 |
| 委員 | コア | 秩父 | 藤原 章雄 | 東京大学 |
| 委員 | コア | 苫小牧、北海道北 | 伊藤欣也 | 北海道大学 |
| 委員 | コア | 八ヶ岳 | 清野達之 | 筑波大学 |
| 委員 | コア | 与那 | 高嶋敦史 | 琉球大学 |
| 委員 | コア | 和歌山 | 徳地直子 | 京都大学 |
| 外部委員 | 真板英一 | |||
| 外部委員 | 水町衣里 | 京都大学 | ||
| 外部委員 | 森 章 | 東京大学 | ||
| 外部委員 | 山北剛久 | 海洋研究開発機構 |
科学委員会
| 役職 | 氏名 | 所属 |
| 委員長 | 田中 健太 | 筑波大学 |
| 委員 | 中村 誠宏 | 北海道大学 |
| 委員 | 堀 正和 | 水産研究・教育機構 |
| 委員 | 森 章 | 東京大学 |
| 委員 | 山北 剛久 | 海洋研究開発機構 |
| 委員 | 吉川 徹朗 | 大阪公立大学 |
| 委員 | 黒川紘子 | 森林総合研究所 |