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基本ルールはもちろん普段の「ぷよぷよ」と同じ。同じ色の「ぷよぷよ」を４つ以上つなげて消していきます。左3列目の一番上まで積んでしまうとゲームオーバーです。
「なぞぷよ」では、さらに「2連鎖すべし」「赤ぷよすべて消すべし」「20ぷよ同時に消すべし」といった問題が出されます。決められたお題通りに消すことができればステージクリアとなり、新たな問題が出題されます。

このゲームでは、100問の問題を解くだけでなく、自分で「なぞぷよ」の問題を作ることもできます。問題を作る際には、あからじめ置いておくぷよのデザインや、出てくる予定ぷよの種類なども細かく設定できます。
なお作成した問題は「まるごとバックアップ」以外で保存することができないのでご注意ください。