第1話「S.E.R.E.」S.E.R.E.

メキシコの秘密の牢に投獄されていたミルズは、生きてアメリカへ帰国するため、命懸けの脱 出プランを実行に移す。しかし、途中行動を共にすることになった移民の少女が人身売買組織 に捕まってしまい、計画は変更を余儀なくされる。一方、ハートは、凄腕ハッカーのキルロイ と、元軍人のサンタナを仲間に加え、ミルズを捜し出し救出するために奔走する。

第2話「追跡」QUARRY

ミルズと殺人事件の重要証人を乗せた飛行機が森の中に墜落する。かろうじて生き延びたミルズと証人だったが、証人の口を封じようとする追手が迫っていた。ミルズは傷を負いながらも、森を抜け出し証人を追手から保護するため、父親から教わったサバイバルスキルを駆使する。 その頃、サンタナはミルズたちを見つけるために計画を立てる。

第3話「ハンムラビ」HAMMURABI

ある有名な会計士が誘拐され、ミルズらチームが救出に動く。犯人は職を失った一人の労働者で、会社を乗っ取られ、大事な年金も失った恨みからの犯行だった。ミルズは誘拐犯に同情し、力になろうとするが…。

第4話「安全保障のセキュリティ」OPSEC

大統領の「核のフットボール」が何者かに奪われてしまう。ミルズたちは、国を守るべき国家機密が恐ろしいことに悪用されてしまう前に奪還すべく動き出す。

第5話「アブサロム」ABSALOM

アメリカに駐在している外交官が誘拐されるという事件が発生する。外交問題になりかねないためチームは捜査を始めるが、その外交官には人身売買組織とのつながりがあった。一方、サンタナは彼女の過去と向き合わなければならなくなっていた。

第6話「チャームスクール」CHARM SCHOOL

戦争の英雄として知られる上院議員の妻が誘拐される。ミルズたちは、この事件に他国の政府が絡んでいるのか、それとも彼女に近い誰かの犯行なのか見極め救出するために捜査に乗り出す。

第7話「招待者以外お断り」INVITATION ONLY

とっくに死んだと思われていた核物理学者が、北朝鮮で核開発に従事していることが判明。ミルズとサンタナは救出のために北朝鮮の収容所に潜入するが…。

第8話「Strelochnik」STRELOCHNIK

ハートは、かつて彼女を裏切った元上司を追って、単身で作戦に臨む。チームは手遅れになる前に彼女を見つけようとするが…。

第9話「ヴェルム・ノケト」VERUM NOVET

外国に亡命した元ジャーナリストが政府の海外資産をリークしようとしていた。この機密が漏れてしまうと無実の人の命が奪われてしまう。チームはそれを阻止しようとするが…。

第10話「イヴのこと」ALL ABOUT EVE

ノルウェーの世界種子バンクから外来種の種子が盗まれるという事件が発生。ミルズはバイオテロを阻止するためノルウェーに向かう。

第11話「パスワード」PASSWORD

ワシントンD.C.で爆発事件が発生。捜査を進めていくと、罪のない人物がハッカーによって犯人に仕立て上げられていた。キルロイはハッカーを追跡する。

第12話「最高権力機関」IMPERIUM

危険な武器商人がニューヨークに武器を密輸したことが判明。ミルズは彼の海外逃亡を阻止するためにFBIと協力する。

第13話「ACGT」ACGT

CIA分析官の息子が失踪する。救出に動き出したチームだったが、別の誘拐事件の被害者という意外なところから有力情報を得る。一方、ハートは事件の背後にある不吉な動機を発見する。

第14話「アーマー」CARAPACE

ミルズの従兄弟が凶悪犯罪組織に狙われる。ミルズは彼を守るために動くが…。一方、キルロイは昔の仲間に脅されていた。

第15話「裁き」RENDER

政府要人の娘が誘拐された。ミルズは救出作戦に乗り出すが、予想外の黒幕による妨害で作戦は困難に直面する。

第16話「総督」（最終話）VICEROY

ハートに命の危機が迫る中、チームは国際テロ組織と戦争をはじめようとしているラムゼーを止めるため、戦争に反対する上院議員の暗殺計画の阻止に乗り出す。